一、分支机构能否独立认定为高新技术企业？

财税服云：科技部、财政部、国家税务总局关于修订印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》（国科发火〔2016〕32号）第二条规定，本办法所称的高新技术企业是指：在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册的居民企业。

高新技术企业必须以总机构为认定主体，分支机构不具有独立的法人资格，不是居民企业，不能独立认定为高新技术企业。

二、总机构认定为高新技术企业后，分支机构是否享受高新技术企业优惠政策？

财税服云：这个问题属于伪命题。

根据《中华人民共和国企业所得税法》第七章“征收管理”第五十条规定：居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。

因此，认定为高新技术企业的总机构在企业所得税汇算清缴时，汇总纳税的分支机构的收支将汇总到总机构统一汇算，自然享受高新技术企业优惠政策。

我们要注意的是，如果分支机构没有按规定备案成汇总纳税机构，则该分支机构不得享受高新技术企业优惠政策，也不得享受小型微利企业所得税优惠政策，应按照25%的所得税税率计算缴纳企业所得税。